在東京八丈島近海建設(shè)的，為了連接全世界警察擁有的監(jiān)控?cái)z像頭的海洋設(shè)施“太平洋浮標(biāo)”。為了正式運(yùn)行，與歐洲的警察組織歐警署管轄的網(wǎng)絡(luò)連接，世界各國的工程師集結(jié)于此。那里應(yīng)用了人臉認(rèn)證系統(tǒng)，某項(xiàng)“新技術(shù)”的測試也正在推進(jìn)。另一邊，柯南等少年偵探團(tuán)成員受園子的邀請來到八丈島賞鯨。隨后沖矢昴(赤井秀一)給柯南打了一個(gè)電話，說歐警署的職員在德國被琴酒殺害了。感到不安的柯南潛入了前往“太平洋浮標(biāo)”警備的黑田兵衛(wèi)等警視廳相關(guān)人員乘坐的巡邏艇，潛入了設(shè)施內(nèi)。隨后，在為系統(tǒng)運(yùn)行正穩(wěn)步準(zhǔn)備的設(shè)施內(nèi)，發(fā)生了一名女性工程師被黑衣組織綁架的案件!而且，她所擁有的記錄了某個(gè)信息的USB盤落到了組織的手中。海中令人毛骨悚然的螺旋槳聲。而在八丈島住宿的灰原身邊，也有黑影悄悄靠近……絕對不能觸碰的玉匣(魔盒)被打開的時(shí)候，被封存的過去，如今在海上浮現(xiàn)。