《奇異博士3》的故事將緊接上一部片尾彩蛋的劇情。奇異博士與克莉前往黑暗維度，修復他造成的空間碰撞。《奇異博士3》將揭示，克莉是“黑暗祭司”的一員?！昂诎导浪尽笔且粋€位于兩個死宇宙空間的跨元宇宙組織。而這兩個死宇宙，正是由空間碰撞引起的。由于多次空間碰撞，多元宇宙正在衰亡。而最近的一次多元宇宙入侵事件正是奇異博士造成的。所以電影還將詳細闡述奇異博士對多元宇宙的威脅。同時，多元宇宙衰亡正是康議會決定大干一場的主要原因。