魏晉時(shí)期，皇宮突發(fā)一起血案。宮女英慧（周放飾）在父母被殺后逃出皇宮。據(jù)傳英慧帶走了父親收藏的華佗《青囊經(jīng)》最重要的部分章頁(yè)，皇上隨即令太尉司馬魁和大臣王贊緝捕英慧；華佗弟子善珍因醫(yī)術(shù)高明深得皇室寵幸，他創(chuàng)辦的針灸治病的神針堂 家喻戶曉。其弟子皇甫謐（陳浩民飾）聰慧過(guò)人，但醫(yī)術(shù)尚欠火候，善珍望其腳踏實(shí)地、刻苦學(xué)藝。
皇上要賜一宮女給善珍，他故意說(shuō)喜歡女弟子香苓，婉拒皇上好意。但皇上依然派人來(lái)賜婚，此時(shí)香苓正要被華鎮(zhèn)梁記大藥房公子梁柳娶走，本就不愿意嫁給梁柳的香苓趁機(jī)上了善珍的花轎?；矢χk等弟子將香苓抬回神針堂準(zhǔn)備與師傅完婚，但他在花轎內(nèi)發(fā)現(xiàn)了受傷的宮女英慧，皇甫謐讓好兄弟布準(zhǔn)將英慧送到山寨保護(hù)起來(lái)。
善珍在與香苓的婚禮中突然暈倒，皇甫謐卻果斷下針，卻還是沒有挽回師傅的性命。此時(shí)宮中派人來(lái)請(qǐng)善珍給小皇子治病，善珍已故，二師兄難當(dāng)大任，香苓果斷決定讓皇甫謐前往?；矢χk穩(wěn)定住小皇子復(fù)雜的病情，得到了皇上的賞賜。但梁柳為了得到香苓，誣陷皇甫謐想娶師娘而故意加害師傅，置其于死地。朝廷大臣王贊救下了皇甫謐，因?yàn)榛噬系膶欏尰矢χk為其治療不孕之癥。
皇甫謐與香苓情感深厚，梁柳對(duì)此耿耿于懷。梁柳在父親被皇甫謐氣死后，決定與皇甫謐拼個(gè)你死我活。梁柳的干爹司馬魁在皇宮手握重權(quán)，他故意將皇甫謐和香苓的事說(shuō)予皇上?；噬弦姷较丬吆笮膭?dòng)不已，香苓一再婉拒，皇上賜其貞節(jié)牌坊，這使得皇甫謐與香苓的前路雪上加霜。
司馬魁懷疑英慧與神針堂有關(guān)系，便要梁柳暗中調(diào)查。差點(diǎn)上當(dāng)?shù)挠⒒墼诓紲?zhǔn)等人的努力下，最終看清了梁柳的真面目。
皇上多次要求功績(jī)顯著的皇甫謐進(jìn)宮做官遭拒，司馬魁趁機(jī)挑唆，誣陷皇甫謐藐視皇上。與此同時(shí)名士嵇康因拒寫《帝王世紀(jì)》被賜死，皇甫謐只得委屈求全同意為皇上寫史，但他更重要的任務(wù)是完成《針灸甲乙經(jīng)》。
瘟疫突如其來(lái)，皇甫謐請(qǐng)纓前往疫區(qū)；而司馬魁與梁柳卻貪贓枉法，并企圖害死皇甫謐。在布準(zhǔn)、英慧等人的幫助下，皇甫謐和香苓先后脫險(xiǎn)，兩人感情日益深厚。
司馬魁寄希望于外甥女懷上龍種以達(dá)到控制皇權(quán)的目的一直未能如愿，梁柳與麗妃偷情懷孕，司馬魁擔(dān)心被皇甫謐發(fā)現(xiàn)，一心想將其滅口。
皇上將覬覦已久的香苓帶入宮中強(qiáng)行封妃，香苓逃出宮后前往西域。因欺瞞皇上受到宮刑的梁柳不思悔改繼續(xù)作惡，并帶領(lǐng)兵勇將有著長(zhǎng)生不老稱號(hào)的封衡抓捕?；矢χk赴西域救封衡時(shí)巧遇布準(zhǔn)和英慧，他們沿途又遇到了香苓所在的西域某國(guó)進(jìn)獻(xiàn)美女的馬隊(duì)?；矢χk與香苓雖然重逢，但香苓和西域國(guó)曼麗公主一同進(jìn)了宮，香苓跟皇上說(shuō)如果把她充斥后宮必會(huì)引起麻煩。果然西域國(guó)向朝廷腹地發(fā)起進(jìn)攻，司馬魁帶兵去反擊卻被毒箭射中。
為害死皇甫謐，梁柳偷走其《帝王世紀(jì)》手稿，并將其扔進(jìn)深山老林?；矢χk被香苓父母所救，因禍得福贏得了撰寫史書的時(shí)間。香苓的到來(lái)使皇甫謐對(duì)《青囊經(jīng)》的完成更有信心。
皇上以為皇甫謐再次逃跑，卻在御書房發(fā)現(xiàn)了皇甫謐如期完成的手稿。感慨萬(wàn)千的皇上下令贈(zèng)予皇甫謐一車書籍，并給予其自由。皇甫謐和香苓終在清靜的山林里結(jié)為夫妻。