《大清神捕2第二季》講訴的是梅雨墨當(dāng)上了大清朝的皇帝，但是國(guó)家并沒(méi)有因此而變強(qiáng)大，西方列強(qiáng)對(duì)清朝的狼子野心愈發(fā)強(qiáng)烈，所以梅雨墨舉辦一場(chǎng)萬(wàn)獅朝圣的盛典來(lái)彰顯國(guó)力，打算向各國(guó)列強(qiáng)攤牌。意外的是盛典上爆發(fā)奇怪的瘟疫，來(lái)源竟是陽(yáng)城縣。梅雨墨擔(dān)心白雪晴出事，也想查清瘟疫根源，再次化名梅雨墨出宮。另外，白雪晴也為了查瘟疫之事來(lái)到了京城，兩個(gè)人偶然間再次相遇，并結(jié)識(shí)了來(lái)自日本的說(shuō)要查自己失蹤爺爺?shù)男」媚?，其他的事還有……
老仇人秦三川和佟安的再次相見，仇恨的火花四起
得到名份得不到愛情的娜仁托亞與六貝勒的糾葛
多角戀的舊情新案,這背后一件件離奇的案件襲來(lái)，令他們措手不及......