1949年，解放軍和平解放新疆，新疆軍區(qū)成立，甘祖昌擔(dān)任后勤部副部長(zhǎng)。其時(shí)，敵特支持投機(jī)倒把分子新疆?dāng)_亂物價(jià)，大肆壟斷黃金銀圓，妄圖從經(jīng)濟(jì)上困死解放軍，甘祖昌低價(jià)將銀圓投入流通市場(chǎng)，打擊奸商氣焰，穩(wěn)定市場(chǎng)，穩(wěn)定新疆政局。其后，敵特分子為報(bào)復(fù)甘祖昌制造車禍，令甘祖昌頭部重傷。1955年，甘祖昌被授予少將軍銜，和他同村同時(shí)入伍而善于經(jīng)營(yíng)的李保山則授校銜。李對(duì)甘很嫉妒，違紀(jì)后被解職回鄉(xiāng)。甘祖昌腦震蕩后遺癥嚴(yán)重，自覺不在適合服務(wù)軍隊(duì)，加之回家后看到家鄉(xiāng)雖解放但老鄉(xiāng)生活仍很貧困，自請(qǐng)辭職，解甲歸田，回到老家江西蓮花縣沿背村。回鄉(xiāng)之后，他不辭辛勞，繼續(xù)為家鄉(xiāng)經(jīng)濟(jì)建設(shè)做貢獻(xiàn)。他排除各種干擾，修整水旱田，修建水庫(kù)，建設(shè)橋梁，創(chuàng)建公社農(nóng)科所等。不但實(shí)現(xiàn)了窮鄉(xiāng)僻壤的脫貧，更使農(nóng)民生活大有改善。甘祖昌不戀高位而選擇奉獻(xiàn)，不圖享受而甘于奮斗的精神成為領(lǐng)導(dǎo)干部的楷模，時(shí)代的先鋒。
“將軍農(nóng)民”甘祖昌解放后始終不忘讓鄉(xiāng)親們都過上好日子的莊嚴(yán)約定，毅然請(qǐng)辭職務(wù)，帶著妻子龔全珍和孩子回鄉(xiāng)，帶領(lǐng)鄉(xiāng)親們艱苦奮斗，改變家鄉(xiāng)落后面貌。