《仙劍奇?zhèn)b傳三》故事發(fā)生在《仙劍》第一代的五十年前，那時(shí)候，李三思剛剛發(fā)出赤子的第一聲啼哭；巫后還是襁褓中的嬰兒，而劍圣，則還沒有拜入蜀山修仙。
事情的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的，但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的沖突而屢屢交手，一直難分勝負(fù)，兩人逐漸有惺惺相惜之意。重樓提出要和飛蓬在自己發(fā)現(xiàn)的一處新仙界中決斗，一較高下，飛蓬礙于神界天規(guī)而猶豫再三，最終經(jīng)不起重樓誘惑而答允。兩人勢(shì)均力敵，比試曠日持久，最終驚動(dòng)了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗。
光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶到人間，經(jīng)過多次轉(zhuǎn)世成為渝州唐門新安當(dāng)鋪伙計(jì)景天，渴望成為蜀山大俠。同時(shí)，重樓自魔界窺探人間，發(fā)現(xiàn)飛蓬的轉(zhuǎn)世如此卑微平凡，于是滋擾蜀山，毀壞鎖妖塔，拿到飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天結(jié)識(shí)了唐門小姐雪見，重樓也尋到景天，向他發(fā)起挑戰(zhàn)，并將魔劍給予了景天，從此景天改變了自己的生活。一開始被卷入雪見家族的內(nèi)部斗爭以及唐門和霹靂堂的爭斗之中，而后遇到蜀山大弟子長卿及其未婚妻紫萱，一直隱藏在魔劍中的鬼魂也化身而出，竟然是景天前世龍陽的妹妹龍葵。
眾人走上了協(xié)助蜀山尋找五靈珠，封印鎖妖塔的漫漫征途。在這個(gè)過程中，眾人互相扶持，患難與共，歷經(jīng)重重磨難，終于獲得五靈珠，戰(zhàn)勝了邪劍仙，維護(hù)了人間的和平。