《無間道》第二季的故事必然是緊接第一季的劇情延續(xù)……
《無間道》故事要從一個(gè)初入香港警隊(duì)的見習(xí)警察韋峻軒說起。韋峻軒自幼生活不是特別幸福，因?yàn)楦赣H常年毆打母親而給了他內(nèi)心留下了深深的陰影，甚至在父母離異后他更加堅(jiān)定了只有權(quán)和勢才能夠保證所愛之人的幸福，故進(jìn)入警隊(duì)以后的他也一直存著一種要攀升得越快，爬得越高的心理。
在一次掃毒行動中，韋峻軒遇到了疑犯五折，因?yàn)橐恍┧饺硕髟苟钇渌幬镏卸荆o他點(diǎn)兒教訓(xùn)。誰知在這個(gè)報(bào)復(fù)的過程中，韋峻軒不慎致其死亡了。得知五折死后，韋峻軒一直活在內(nèi)疚和不安中，時(shí)常需要理醫(yī)生胡家琳（朱銳飾）的治療才能稍稍平復(fù)自己的內(nèi)心。
來港尋友的大陸警察江子丹（化名子彈）意外發(fā)現(xiàn)了服用過量毒品墮樓身亡的五折。江子丹覺得五折的死因相當(dāng)蹊蹺。為了好友的清白，也因?yàn)楸旧碜鳛橐幻斓呢?zé)任感驅(qū)使，江子丹發(fā)誓要找尋真相。
在尋找真相的過程中，江子丹（化名子彈）發(fā)現(xiàn)五折的死與一個(gè)香港黑道社團(tuán)經(jīng)營的販毒網(wǎng)絡(luò)有關(guān)，該網(wǎng)絡(luò)正與外國販毒集團(tuán)勾結(jié)，籌劃開拓中國這個(gè)龐大的市場！于是立即聯(lián)絡(luò)香港警方，兩地聯(lián)合部署行動，要搗毀這個(gè)跨境的販毒集團(tuán)。